Nel decennio che precede la pace di Cateau Cambrésis (1559) Horologi opera nell’esercito francese, al servizio del maresciallo Cossé de Brissac, durante la guerra franco-spagnola in Piemonte come “soprintendente alle fortificazioni di qua da’ monti”. Conosce a fondo e aggiorna le strutture difensive piemontesi che illustra nel suo trattato Brevi ragioni del fortificare di Francesco Horologi Vicentino. Il documento (1559) si apre con capitoli sul come edificare le fortezze, cui seguono 35 tavole disegnate di luoghi del Piemonte: doveva illustrare al re di Francia le fortezze che il maresciallo non intendeva restituire, nonostante gli accordi di pace.
Mutata la situazione, nel febbraio 1560 Horologi è a Venezia e Emanuele Filiberto, rientrato in possesso del suo stato, ottiene dal doge di avere l’ingegnere a corte «per poter ragionare con lui et haver informatione delle fortezze dello stato mio». Nell’occasione il vicentino dona al duca un progetto che aveva redatto per una cittadella pentagonale da erigersi a Torino, corredato da una relazione. Il disegno prospetta una cittadella identica nella forma a quella che in futuro verrà realizzata dal Paciotto, ma posta presso il castello degli Acaia; mentre la relazione prevede la stessa cittadella dalla parte verso Susa. Alla domanda sul perché il duca cambi progettista avendo già la soluzione, risponde un recente studio (Lusso, 2007). Nel settembre del 1561 l’ambasciatore veneto Boldù a Torino informa Venezia che l’Horologi è infido e continua a servire i francesi; l’ingegnere viene quindi condotto sotto scorta al Consiglio dei Dieci per essere processato. È verosimile che Emanuele Filiberto, a seguito di tali notizie, abbia deciso di cambiare progettista rivolgendosi al Paciotto.