Il trasferimento della capitale del ducato sabaudo da Chambéry a Torino (1563) diede l’avvio a numerosi cantieri per il rinnovamento edilizio e urbano della città. La presenza stabile di lavoro richiamò in Piemonte maestranze specializzate nella costruzione e nella decorazione plastica (in marmo e stucco) e pittorica di chiese e palazzi. Questi artisti e artigiani provenivano in particolare dai territori prossimi al lago di Lugano ed erano organizzati in piccole imprese familiari che stagionalmente giungevano a Torino. Il saldo legame di questa comunità con il capoluogo sabaudo venne sancito, nel 1636, con la costruzione della cappella dedicata a sant’Anna nell’antica chiesa di San Francesco d’Assisi (seconda cappella della navata sinistra), già sede della loro omonima corporazione di mestiere. I lavori nella cappella terminarono all’inizio del 1637 e nell’estate dello stesso anno il plasticatore Alessandro Casella di Carona ne compì una prima decorazione in stucco poi arricchita dai lavori di Francesco Bettino (1713) e Giovanni Battista Sanbartolomeo (1762). Qualche anno più tardi, nel 1658, un altro membro della famiglia Casella, Giovanni Andrea, lavorò agli affreschi, successivamente sostituiti durante il restauro ottocentesco. La pala dell’altare è attribuita a Federico Zuccari e rappresenta la Madonna con il Bambino e Sant’Anna.

Il bombardamento del luglio 1943 produsse solo lievi danni: in particolare, lo sveltamento parziale della copertura del tetto e lesioni al soffitto. Nel giugno 1944 il tetto risulta già ripristinato.