Nel 1845 si ha testimonianza di una scuola, affidata ai Fratelli delle Scuole Cristiane, nella quale gli allievi erano ammessi gratuitamente. Nel 1854  essa ha 3 classi maschili in corso S. Massimo 15 (l’attuale corso Regina Margherita) e una sezione femminile in corso Po 6. Dopo una serie di cambiamenti di sede -  prassi abituale nei periodi precedenti all'avvio di un preciso piano di edilizia scolastica -, nel 1866 le classi maschili si spostano in via Barolo 8. L'aumento degli alunni rende necessario l'affitto di altri locali nella stessa via: il Comune decide nel 1870 di dotare la scuola di apposito edificio in via Barolo 6 con 17 aule e di intitolarlo al presbitero e pedagogista Ferrante Aporti. A partire dal 1905 la scuola è dotata di patronato scolastico, con 206 allievi ammessi alla distribuzione di oggetti, vestiti e calzature e merenda e 83 all'assistenza educativa. L'aumento degli alunni richiede l'affitto di nuovi locali in via Riberi e un ampliamento della struttura nel 1914. Nuovamente, in una relazione del 1932 del direttore Francesca Racca all'ispettore comunale, si lamenta l'insufficienza dell'edificio pur ribadendo che didatticamente “l'andamento complessivo della scuola appare assai significativo”.

Gli anni della Seconda Guerra Mondiale lasciano segni sulla scuola, che riporta danni su 13 locali. Si verficarono danni al tetto, ai plafoni, ai muri e sfondamento dei pavimenti provocati da spezzoni e bombe incendiarie; i locali risultavano ripristinati già nell'agosto 1944.

Alla ripresa delle normali attività essa ospita le classi della Tommaseo, da cui dipende e la cui sede risultava inagibile causa bombardamenti. Dopo la ricostruzione la scuola dipende dalla elementare Fontana. Nei primi anni Sessanta conta quasi 400 alunni ma l'edificio dispone solo di 11 classi: la necessità di nuovi spazi impone quindi la demolizione e la ricostruzione della scuola. Le lezioni sono temporaneamente trasferite presso l'Oratorio della vicina chiesa di Santa Giulia finchè, nel 1969, non viene completato il nuovo edificio scolastico, che assume il nome di San Francesco d'Assisi e dipende dalla Direzione Didattica Tommaseo, con cui dal 2000 costituisce un istituto comprensivo.

La struttura, di pianta a quadrato con prolungamenti, dispone oggi di ampi corridoi e aule, cortile alberato, palestra, laboratorio di scienze, lingua straniera, biblioteca, sala video e computer, mensa. Nello stesso edificio è ospitata la scuola media del Conservatorio. La scuola è inoltre sede del tirocinio per gli studenti della Facoltà di Scienze della Formazione.