Protagonista delle lotte operaie torinesi degli anni Venti del Novecento, fu processato dal Tribunale speciale per propaganda antifascista nel 1941; divenne una delle principali figure di riferimento del movimento partigiano nelle Valli di Lanzo.

Comandante della seconda divisione Garibaldi, fu catturato insieme a Pino Casana, comandante della polizia divisionale, durante l'operazione di rastrellamento denominata "Strassburg" (settembre 1944) e fucilato a Torino il 12 ottobre 1944.

La notizia della sua morte provocò agitazioni in alcune fabbriche torinesi: alla Spa il 17 ottobre, alla Grandi Motori, al Lingotto, a Mirafiori. Il nome Giovanni Battista Gardoncini venne poi assunto da una brigata della 2ª divisione Garibaldi "Piemonte". Medaglia d'oro al valor militare.

Una lapide, collocata in via Cibrario 1 all'angolo con piazza Statuto sull'edificio che ha sostituito nel 1959 le costruzioni preesistenti, ricorda la fucilazione qui avvenuta per rappresaglia di nove partigiani, già detenuti alle carceri Nuove, nelle prime ore del 12 ottobre 1944.

Il giorno precedente un attentato partigiano aveva provocato il ferimento di 8 militari tedeschi e di un civile italiano, per il lancio di una bomba contro la facciata dell'albergo Tre Re in piazza Statuto. La rappresaglia venne ordinata dal comando tedesco e coinvolse alcuni dei quadri di comando della 2ª divisione Garibaldi, catturati durante i rastrellamenti nelle valli di Lanzo. Pochi giorni dopo, il 29 ottobre, veniva deposta una corona sul luogo della fucilazione, sotto la protezione di sappisti armati.

La lapide recita:

"In questo luogo il piombo nazifascista il giorno 20 10 1944 stroncava la fiorente giovinezza dei seguenti eroici volontari della libertà: Alasonatti Osvaldo, Casana Giuseppe, Gardoncini Giovanni Battista, Castellaneta Ciro, Di Costanzo Guido, Marangoni Vittorio, Scaglia Ermanno, Partigiano francese non identificato, Partigiano francese non identificato".