Nato negli ultimi anni dell'Ottocento dalla congregazione delle suore di Maria S.S. Consolatrice, l'istituto opera da allora come ente di istruzione. Nella prima sede, in via Monfalcone 28, fu aperto l'istituto Gesù Bambino. Sull'area di via Caprera, sorgeva Villa Paolina, casa privata che, acquisita dalla congregazione, divenne convitto per le bambine orfane. Distrutta dai bombardamenti del secondo conflitto mondiale, l'edificio fu ricostruito nel 1950 dal Genio civile, poi ampliato tra il 1968 e il 1971.

Oggi l'istituto Maria Consolatrice è una scuola paritaria e si compone di scuola dell'infanzia, scuola primaria e scuola secondaria di primo grado. La scuola dell'infanzia "Principe Tommaso" si trova in via Monfalcone 28, all'interno del plesso dell'istituto Gesù Bambino.

L'edificio di via Caprera 46, che ospitava la congregazione di Maria S.S. Consolatrice, era costituito da quaranta locali destinati a scuola e alle convivenze delle religiose. Durante l'incursione aerea del 28 novembre 1942, bombe dirompenti distrussero completamente il fabbricato utilizzato per le convivenze. Nella parte rimanente si registrarono chiassilerie divelte, tetti e muricci crollati a causa di un soffio di bomba dirompente. La chiesa di Maria S.S. Consolatrice, annessa all'istituto e aperta al culto, subì, nella stessa data, lesioni ai muricci da bomba dirompente. Anche la copertura del tetto e le chiassilerie risultarono divelte. La scheda di censimento dei danni di guerra, datata 27 settembre 1945, segnala opere di ripristino in corso nella chiesa.