La Municipalità dedicò sempre grande attenzione alle scuole elementari, soprattutto nella seconda metà dell'Ottocento, ma diversi problemi pratici (aumento degli scolari, carenza di aule, igiene e talora la mancanza di personale adeguato) resero ardua la realizzazione di progetti ambiziosi, come ad esempio quello dell'introduzione dell’educazione fisica. Una importante novità fu però rappresentata dallo sviluppo dell’istruzione femminile. Nel 1864 aprì la prima scuola superiore per fanciulle in città (in pieno centro, in via della Basilica); nel 1869, grazie a una sottoscrizione fra i cittadini, sorse l’Istituto Figlie dei militari italiani, per le giovinette che avevano avuto i padri nell’esercito. Oltre all’istruzione, un secondo importante fine della scuola pubblica dell’epoca fu quello di formare dei futuri buoni cittadini.
La richiesta di personale scientifico più preparato, espressa dalla nascente economia industriale, non trovò risposta soddisfacente dalle scuole tecniche superiori cittadine, carenti in laboratori e in preparazione specifica, mentre il ginnasio restava la via privilegiata per l’Università, nonché la scuola dei giovani delle famiglie più abbienti grazie all’ottimo livello dell'insegnamento.
Gli istituti elementari e superiori erano sia pubblici che privati (specie quelli religiosi), non di rado in concorrenza per riuscire ad accaparrarsi studenti e insegnanti, e divisi anche dal punto di vista dei valori proposti. L’ingresso dei socialisti in Municipio a fine secolo rafforzò i sostenitori delle scuole pubbliche.