In una stretta via del centro storico della città di Torino e in un'area urbana che raccoglie le testimonianze religiose più importanti della città, sorge la chiesa dedicata a San Giovanni Decollato, eretta dalla Confraternita della Misericordia, compagnia già attiva nella città dal 1578 quando venne istituita dal duca Emanuele Filiberto di Savoia per accompagnare al supplizio i condannati a morte ed assisterli. Ancora oggi alcune teche nella chiesa conservano il registro con i nomi dei condannati, i cappucci neri, il bicchierino per un ultimo sorso e il crocifisso che veniva fatto baciare prima dell’esecuzione.

Nel 1720 la Confraternita acquista, dalle monache di Santa Croce, il convento e la chiesa, trasformando quest’ultima nell’attuale chiesa della Misericordia e dichiarando questi i luoghi della loro sede definitiva. Tra il 1723 al 1758 vengono avviati una serie di interventi di ristrutturazione e consolidamento dell’antica fabbrica. Nel 1751, a causa di alcuni e gravi problemi strutturali, il progetto per la ricostruzione parziale dell’edificio viene affidato all’ingegnere Filippo Nicolis di Robilant (1722-1801). Interessante la cupola a catino con un’ellissi il cui asse maggiore è normale a quello della Chiesa. Nel 1753 vengono realizzate le due cappelle laterali con gradini in pietra di Gassino (Cappella del Crocifisso e Cappella dell’Addolorata).

Del 1792 è il pregevole altare maggiore in marmi policromi e riccamente decorato, opera dell’artista Francesco Benedetto Feroggio, dietro al quale è collocata la "Decollazione di San Giovanni Battista" di Federico Zuccari (1539-1609). All’interno della chiesa, con pianta  a croce greca che si articola su due cupole, si possono ammirare l’ampio presbiterio, con eleganti fianchi decorati da coretti e la cupola emisferica di gusto guariniano, e vari apparati decorativi e scultorei attribuiti a Carlo Giuseppe Plura (1665-1737) e Stefano Maria Clemente (1719-1794).

La facciata attuale in stile neoclassico del 1828, opera dei fratelli Lombardi, Gaetano e Lorenzo, presenta un frontone triangolare a dentelli sostenuto da quattro colonne ioniche su stilobati, che ripropone quasi fedelmente il disegno di facciata del Robilant, a suo tempo non eseguito per mancanza di fondi.

La chiesa è stata recentemente oggetto di un recupero strutturale e di un restauro che ha anche riguardato integralmente gli apparati decorativi.

La chiesa della Misericordia, in muratura mista, viene colpita da un bombardamento l'8 dicembre del 1942. I danni furono, fortunatamente, lievi, e interessarono prevalentemente gli infissi, presto ripristinati. Nello stesso isolato, l'edificio sito in via Santa Maria 12, fu, invece, parzialmente distrutto.

1720, la Confraternita acquista dalle monache di Santa Croce la chiesa e il convento;

1723-1758, interventi di risistemazione;

1751, progetto di Filippo Nicolis di Robilant;

1753, realizzazione delle due cappelle laterali;

1792, altare maggiore di Francesco Benedetto Feroggio;

1828, facciata neoclassica dei fratelli Lombardi.