Si forma alla scuola urbinate e poi a Roma (1540-1551), ove viene nominato architetto generale dello Stato della Chiesa. Passa quindi a Parma al servizio dei Farnese e nel 1558 diviene ingegnere generale di Fiandra dove conosce Emanuele Filiberto. Per ricostituire le difese dello stato appena riconquistato, questi lo vuole a Torino, dove Paciotto entra a far parte del gruppo di esperti di fortificazioni presieduto dal duca stesso. In Piemonte dal 1560, progetta le cittadelle di Vercelli e di Cuneo e, per le terre sabaude transalpine, quelle di Bourg-en-Bresse e Rumilly. La sua opera più nota è la Cittadella di Torino, progettata nel 1564 e inaugurata di lì a due anni, un pentagono bastionato regolare (analogo a quello già proposto da Francesco Horologi), collocato sullo spigolo sud-ovest della cinta quadrata d’impianto romano.
La fama acquisita per la realizzazione torinese lo porta ad avere incarichi internazionali di grande prestigio: nel 1567 si reca in Fiandra per progettare la cittadella di Anversa, congruente a quella sabauda, riconosciuta all’epoca come perfetta macchina da guerra.
Dal 1572, come responsabile delle fortificazioni dello stato pontificio, progetta nuove difese e migliorie per le esistenti in tutte le terre papali.
Va riconosciuta a Paciotto (che durante il soggiorno romano aveva studiato l’architettura antica, partecipando all’Accademia vitruviana) anche una buona competenza nella progettazione civile (come per esempio il Lazzaretto di Ancona, 1572).